Scrat streeft er nog steeds naar om de ongrijpbare eikel te pakken te krijgen. Dit zorgt ervoor dat hij het universum in gekatapulteerd wordt en per ongeluk een reeks kosmische gebeurtenissen in gang zet die een bedreiging vormen voor de Ice Age wereld. Om zichzelf te redden moeten Sid, Manny, Diego en de rest van de groep hun huis verlaten om te beginnen aan een zoektocht om de bedreiging te stoppen. Ze reizen naar exotische nieuwe landen waar ze worden geconfronteerd met een aantal nieuwe kleurrijke figuren.