Manny, Diego en Sid beginnen aan een groots avontuur, nadat door een catastrofe een volledig continent op drift is geraakt. Gescheiden van de rest van de groep, gebruiken ze een ijsberg als geïmproviseerd schip, dat hen op een epische zeereis zal voeren. Manny en zijn vrienden worden uitgedaagd als nooit tevoren om een held te worden en het onmogelijke te volbrengen, wanneer ze exotische zeewezens tegenkomen, een nieuwe wereld ontdekken en de strijd aangaan met meedogenloze piraten. Scrats weerzien met zijn vervloekte beukennootje katapulteert hem weer eens naar plaatsen, waar geen prehistorische eekhoorn ooit is geweest.