Een oud bestand tussen het mensenrijk en een veel ouder ras van mythische wezens staat op het punt verbroken te worden. De verbannen prins Nuada wil de mensheid uitroeien om zo plaats te maken voor de wezens, die nu verborgen moeten leven. Het is aan Hellboy om Nuada te stoppen, voordat hij het allesvernietigende Gouden Leger kan wekken. Samen met een team van het Bureau voor Paranormaal Onderzoek en Defensie, met onder meer zijn pyrokinetische vriendin Liz, de aquatische empatholoog Abe en de protoplastische mysticus Johann wordt er heen en weer gependeld tussen beide werelden. Uiteindelijk zal Hellboy, een schepsel dat in geen van beide werelden echt geaccepteerd wordt, moeten kiezen tussen zijn eigen volk of de mensenwereld waarin hij is opgegroeid.