Terwijl het een kwestie van uren is voor de machines Zion binnen zullen dringen, moeten Trinity en Morpheus op zoek naar Neo, die gevangen zit in een wereld tussen de Matrix en de echte wereld. Wanneer het gevecht tussen de machines en de bewoners van Zion begint probeert Neo definitief af te rekenen met Agent Smith.

Disc 2: Extra's.