De film speelt zich af in een alternatieve toekomst, waarin Magneto's Brotherhood een belangrijke senator vermoordt. Als gevolg daarvan wordt de jacht op mutanten geopend, en is het aan de X-Men uit het verleden en de X-Men uit de toekomst om samen te werken en ervoor te zorgen dat enkele belangrijke gebeurtenissen, die leiden tot deze toekomst voorkomen worden.