Nadat ze het labyrint hebben overwonnen, wacht Thomas en de andere Gladers een nieuwe uitdaging: op zoek gaan naar aanwijzingen over de mysterieuze en machtige organisatie WCKD. Hun reis brengt hen naar de Scorch, een desolaat landschap bezaaid met ondenkbare obstakels. Samen met verzetsstrijders nemen de Gladers het op tegen de superieure strijdkrachten van WCKD en ontdekken ze wat voor schokkende plannen deze organisatie voor hen in petto heeft.