In 2029 is de mutant bevolking aanzienlijk geslonken en de X-Men zijn ontbonden. Het genezend vermogen van Logan neemt af en hij ontfermt zich nu samen met de mutant Caliban over de zieke Professor X in een schuilplaats op de grens met Mexico. Zij zullen daar de rest van hun leven ondergedoken blijven. Wanneer een jonge mutant op de vlucht voor een gevaarlijke organisatie zijn pad kruist, kan hij zich niet langer verstoppen en voelt hij zich uiteindelijk gedwongen haar te helpen.